Omdat het correct vergelijken van eiwtten vanwege hun complexe
structuur zo ingewikkeld is, gebruiken biologen computeralgoritmes
om dit te doen. Maar over de te gebruiken methode zijn ze het nog
altijd niet eens.
Exacte oplossing
"Er zijn veel criteria te bedenken zijn waarop je eiwitten kunt
vergelijken, waardoor er veel verschillende methoden in omloop
zijn," zegt Wohlers. "Wij hebben geen nieuw criterium bedacht, maar
we pakken alle criteria samen die eerder bedacht zijn, en berekenen
op basis daarvan de optimale oplossing. Zo kunnen we een exacte
oplossing geven."
Wohlers en Klau presenteren de resultaten van hun bevindingen
deze maand samen met hun collega's van het Franse
onderzoeksinstituut INRIA in een Featured Article in Nucleic Acid
Reserach. De methode die biologen helpt beter te achterhalen wat de
functie van een eiwit is, is online beschikbaar.
Biologen vergelijken eiwitten om vanuit de structuur de functie
van een eiwit te achterhalen. Eiwitmoleculen bestaan uit tientallen
tot duizenden aminozuren die in complexe driedimensionale
structuren in elkaar gevouwen zitten. Deze structuur bepaalt wat
het eiwit doet.
Revolutionaire relatie tussen eiwitten
Om de functie van een onbekend eiwit te achterhalen, vergelijken
biologen daarom vaak de structuur met dat van een bekend eiwit.
Daarnaast zijn vergelijkingen ook bruikbaar in de evolutiebiologie:
ze geven de evolutionaire relatie tussen eiwitten weer.
Inken Wohlers zal later dit jaar promoveren op haar onderzoek
naar het vergelijken van eiwitten. Het exacter en kwantitatiever
maken van biologisch onderzoek is een belangrijk doel in het Life
Sciences-onderzoek op het CWI.