Hij is daarbij in het bijzonder geïnteresseerd in het zogenaamde MHC-molecuul (major histocompatibility complex). Dat speelt een sleutelrol bij het herkennen van virussen door het afweersysteem. Daarom gaat professor Ploegh zal zich in Utrecht bezighouden met onderzoek naar infecties door virussen, bacteriën en parasieten. Onder meer naar bacteriële toxinen en manieren waarop virussen het immuunsysteem ontduiken.
Ploegh zal ook bijdragen aan onderwijs voor bachelor- en masterstudenten en promovendi. Zijn leerstoel heet 'Biochemistry of Host-Pathogen Interactions'.
De Nederlandse geleerde studeerde in Groningen en promoveerde in Leiden. Daarna werkte hij onder meer in Keulen, Duitsland, en bij het Nederlands Kanker Instituut in Amsterdam. Daarna vertrok Ploegh naar Amerika. Eerst naar het Massachusetts Institute for Technology MIT, later naar Harvard Medical School. Sinds 2005 werkt hij aan het Whitehead Institute for Biomedical Research als Professor of Biology. Ploegh is correspondent voor de KNAW en lid van de American Academy of Arts and Sciences.