ScienceGuide staat voor verdieping. Dit is het platform waar de actualiteit en achtergrond elkaar ontmoeten op een inhoudelijke en doordachte wijze. Onder het uitklapteken vind je dus een toelichting, geheugensteun of voetnoot die de redactie of de auteur toevoegt. Dit doen wij om ervoor te zorgen dat wij in onze artikelen grondig en gedetailleerd in kunnen gaan op belangrijke details, zonder de lezer kwijt te raken.
Ecogenomicsprijs voor dr Joop Ouborg
Nieuws |
de redactie
24 november 2006 | Moleculair ecoloog dr. Joop Ouborg van het Institute for Water and Wetland Research van de Radboud Universiteit Nijmegen heeft een prijs gewonnen ter waarde van 40.000 € voor genexpressieonderzoek naar de effecten van genetische verarming in duifkruid, een in Nederland bedreigde plantensoort (Scabiosa columbaria). De prijs komt van het MicroArray Department (MAD) Amsterdam.
Dat schreef samen met de firma Affymetrix een wedstrijd uit voor projecten op het gebied van de nieuwe DNA- chip technologie. Het voorstel van Ouborg zal door het MAD uitgevoerd worden.
Waarom dit onderzoek?
Sinds begin jaren ‘90 wordt er onderzoek gedaan naar de effecten van landschapsfragmentatie op de overlevingskans van planten en dieren. Duifkruid is een schoolvoorbeeld van een plantensoort die door fragmentatie lijdt aan genetische verarming: kleine geïsoleerde restpopulaties van deze soort verliezen genetische variatie. Ouburg: “Wat wij echter nog niet weten is hoe dit gebrek aan genetisch variatie in deze populaties nu doorwerkt op het functioneren van de planten in zo’n populatie. De gereedschappen om dit te onderzoeken waren er tot voort kort gewoonweg niet. Maar met de ontstuimige groei van het DNA-onderzoek – samengevat onder de noemer genomics, en tot nu toe vooral ingezet in medisch en agro- food onderzoek – kan dat nu wel.” Ouborgs project is het eerste dat high tech genomicsonderzoek inzet voor onderzoek naar habitatfragmentatie en genetische verarming.
DNA-chips van duifkruid
In het project wordt gewerkt met zogenaamde DNA-chips van duifkruid. De genexpressie van het DNA van geïsoleerd voorkomende duifkruidplanten wordt vergeleken met die van grote, genetisch variabele populaties. Zo kan in detail worden vastgesteld hoe genetische verarming het functioneren van genen en van de plant beïnvloedt. Daarmee kan voor het eerst een koppeling worden gemaakt tussen het waarnemen van verlies van genetische variatie en de genetisch bepaalde effecten daarvan op het functioneren van planten.
Moleculaire Ecologie
Joop Ouborg is verbonden aan de onderzoeksgroep Moleculaire Ecologie van het Institute for Water and Wetland Research. De groep doet onderzoek op het gebied van ecogenomics. Onderzocht wordt hoe genen het functioneren van planten en dieren in hun natuurlijke omgeving beïnvloeden. Anders gezegd: welke omgevingsfactoren zorgen ervoor dat bepaalde genen ‘aan-‘ of ‘uitgezet’ worden, dus in de plant tot uitdrukking komen, met als gevolg dat twee planten met hetzelfde genoom in een verschillend milieu heel anders tot wasdom komen.
