Online app voor vergelijken eiwitten

Nieuws | de redactie

1 augustus 2012 | Onderzoekers van het Centrum Wiskunde & Informatica hebben een online applicatie ontwikkeld voor het vergelijken van eiwitten. Inken Wohlers en Gunnar Klau hebben alle eerdere methodes samengebracht om op basis daarvan de optimale vergelijkingswijze te berekenen.

Omdat het correct vergelijken van eiwtten vanwege hun complexestructuur zo ingewikkeld is, gebruiken biologen computeralgoritmesom dit te doen. Maar over de te gebruiken methode zijn ze het nogaltijd niet eens.

Exacte oplossing

“Er zijn veel criteria te bedenken zijn waarop je eiwitten kuntvergelijken, waardoor er veel verschillende methoden in omloopzijn,” zegt Wohlers. “Wij hebben geen nieuw criterium bedacht, maarwe pakken alle criteria samen die eerder bedacht zijn, en berekenenop basis daarvan de optimale oplossing. Zo kunnen we een exacteoplossing geven.”

Wohlers en Klau presenteren de resultaten van hun bevindingendeze maand samen met hun collega’s van het Franseonderzoeksinstituut INRIA in een Featured Article in Nucleic AcidReserach. De methode die biologen helpt beter te achterhalen wat defunctie van een eiwit is, is online beschikbaar.

Biologen vergelijken eiwitten om vanuit de structuur de functievan een eiwit te achterhalen. Eiwitmoleculen bestaan uit tientallentot duizenden aminozuren die in complexe driedimensionalestructuren in elkaar gevouwen zitten. Deze structuur bepaalt wathet eiwit doet.

Revolutionaire relatie tussen eiwitten

Om de functie van een onbekend eiwit te achterhalen, vergelijkenbiologen daarom vaak de structuur met dat van een bekend eiwit.Daarnaast zijn vergelijkingen ook bruikbaar in de evolutiebiologie:ze geven de evolutionaire relatie tussen eiwitten weer.

Inken Wohlers zal later dit jaar promoveren op haar onderzoeknaar het vergelijken van eiwitten. Het exacter en kwantitatievermaken van biologisch onderzoek is een belangrijk doel in het LifeSciences-onderzoek op het CWI.