Aan de slag met eScience

Nieuws | de redactie
15 november 2013 | Op het eerste eScience Symposium zijn de winnaars van de Enlighten Your Research wedstrijd bekendgemaakt. Onderzoekers Piek Vossen (VU), Stephen Helms (FOM AMOLF) en Mitra Almasian (AMC) gaan aan de slag met de e-infrastructuur en hulp van SURFsara, SURFnet en het Netherlands eScience Center.

Enlighten Your Research 4 (EYR4) is dit jaar voor de vierde keer als wedstrijd uitgeschreven door  SURF, SURFnet, SURFsara, NLeSC  en NWO. Onderzoekers kunnen via deze samenwerking profiteren van een eenvoudige en naadloze koppeling tussen diverse door SURF aangeboden e-infrastructurele ICT-diensten.

Onbekend terrein

Voor veel wetenschappers is de geavanceerde infrastructuur waar men bij SURF over beschikt wellicht een onbekend terrein. Toch zijn de technologische middelen en expertise voor veel gebieden (niet alleen binnen de bètawetenschappen, maar steeds vaker ook binnen de alfa- en de gammawetenschappen) van grote waarde. De organisatoren van EYR4 zijn dan ook blij dat met Spinoza-winnaar Piek Vossen nu ook een linguïst in de prijzen valt.

“We zijn blij met de brede spreiding over wetenschapsdisciplines bij de finalisten,” vertelt Magchiel Bijsterbosch die vanuit SURF de EYR4 wedstrijd mede begeleidde. “We hebben nadrukkelijk geprobeerd de wedstrijd breed in te steken en naast de meer technisch georiënteerde wetenschappen bijvoorbeeld ook geesteswetenschappen aan te spreken. Dat vergt een andere benadering door ons waarbij wij een deel van de vertaalslag naar het onderzoek moeten maken.”

Jan Bot (SURFsara): “Toch is er uiteindelijk besloten op basis van wetenschappelijk technische kwaliteit en potentie van de voorstellen en de mate van samenwerking in het onderzoek of technologie. Dat zie je bij de winnaars terug in medeaanvragers uit onder meer Delft, Spanje en Japan. Dit soort brede samenwerking zorgt ook voor een stuk borging.”

Virtueel laboratorium

Eén van de winnaars van EYR4 is Mitra Almasyan die op het AMC bezig is met haar promotieonderzoek naar een nieuwe techniek voor het maken van zeer gedetailleerde medische afbeeldingen. “We zijn met een samenwerking bezig om de resolutie van die afbeeldingen te verbeteren. Het zou mooi zijn als we deze techniek toegankelijk kunnen maken in klinieken.”

“Wat we willen is een eenvoudig te gebruiken virtueel laboratorium waar alle doktoren die gebruik willen maken van de beelden bij kunnen,” vertelt Almasyan. Door de grootte van deze afbeeldingen vergt de automatische analyse ervan veel rekenkracht. Juist daarvoor komt de infrastructuur van SURFsara van pas. “Daarvoor hebben we een directe maar ook veilige netwerkverbinding nodig tussen het ziekenhuis en SURFsara. We willen uiteindelijk naar een cloudomgeving waarbinnen we nieuwe tools kunnen ontwikkelen met elkaar.”

Zo’n verbinding kan gelegd worden met de lichtpaden van SURFnet. Almasyan ziet zo’n supersnelle verbinding graag gelegd van het AMC naar SURFsara. Ook EYR4-winnaar Stephen Helms van het FOM-instituut AMOLF krijgt de mogelijkheid om dergelijke verbindingen in te zetten voor zijn werk samen met de Vrije Universiteit in Amsterdam en het Okinawa Institute of Science and Technology in Japan.

Behoefte aan rekenkracht

Helms doet onderzoek naar hoe rondwormen navigeren. Rondwormen worden vaak onderzocht als voorbeeld voor hoe organismen werken. Voor zijn onderzoek is veel ruwe data aan video en foto’s nodig. “Wat ik nu aan data heb is al amper te verwerken op mijn eigen computer. Als ik mijn onderzoek verder wil opschalen heb ik echter meer rekenkracht nodig.”

Met de supercomputer van SURFsara in Amsterdam en de verbindingen tussen de partners kan Helms verder met zijn gedragsonderzoek. Helms is postdoctoraal onderzoeker, waar Piek Vossen als professor en Mitra Almasyan als promovenda de EYR4 prijs toegekend kreeg. “We wilden niet alleen voor de accomplished wetenschappers gaan, we hebben bewust gekozen voor mensen in verschillende fasen in hun carrière,” vertelt de EYR4 projectgroep.

Uiteindelijk is het belangrijkste dat men met de mogelijkheden die geboden worden ook echt baanbrekend onderzoek zal gaan uitvoeren. Dat geldt ook voor de niet-winnaars. Frank Seinstra (NLeSC): “Ook zij kunnen nu wel degelijk een belangrijke stap verder maken. Het is vooral belangrijk dat onderzoekers bekend raken met de mogelijkheden en die uitbuiten.”

“De jury kiest uiteindelijk welke aanvragen het best gebruik maken van de door SURF, SURFnet, SURFsara en NLeSC  aangeboden infrastructuur en expertise,” stelt Magchiel Bijsterbosch. “Bij wie maken we de grootste impact? Dat is waar het om gaat.”


Schrijf je in voor onze nieuwsbrief
«

ScienceGuide is bij wet verplicht je toestemming te vragen voor het gebruik van cookies.

Lees hier over ons cookiebeleid en klik op OK om akkoord te gaan

OK